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新创公司:DNANexus——基因DNA云数据狩猎者

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发表于 2015-9-17 18:31:21 | 只看该作者 回帖奖励 |倒序浏览 |阅读模式

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2009年初,DNAnexus成立于斯坦福大学,意在满足计算基础设施在DNA序列分析中需求。

2010年4月,DNAnexus推出了它基于云计算的序列数据服务。

2011年10月,DNAnexus宣布,它已从谷歌风险投资公司筹集了1500万美元,来自于TPG生物技术等5个资本公司。

2012年,DNAnexus 首席执行官兼联合创始人Andreas Sundquist被誉为FierceBiotech十大生物科技技术人员。

2013年10月,公司宣布了一项与贝勒医学院人类基因组测序中心的合作项目。通过这次合作 ,DNAnexus与贝勒科学院的科学家采用最大的云计算基因组学分析确认后,处理了3751个人类基因组和10771个外显。DNAnexus使用Amazon Web服务基础设施进行了心脏和衰老研究的群体基因,这个过程花费了大概240万计算量的时间,共生成430tb字节的数据。

2014年1月,DNAnexus宣布了来自Claremont Creek Ventures,First Round Capital,Google Ventures以及TPG Biotech的1500万美元C轮融资。

DNAnexus是一家为生物信息技术提供云解决方案的初创企业。其具有成本效益的 DNA 测序平台及服务(PaaS)解决方案足以对传统企业级产品构成挑战,迅速吸引了许多客户的采用,独角兽气质一览无余。

从创立以来,DNAnexus一直专注于建立一个云计算服务器中的DNA数据库,然后以服务方式将该数据库提供给研究者和科学家。它一直以来都和谷歌密切地开展技术合作,意欲提供最为全面的DNA数据库,那样,用户就可通过美国国家生物技术信息中心(NCBI)下的SRA网站访问到这些DNA数据(但在2011年2月,NCBI曾宣布由于政府削减经费而支持逐步淘汰SRA)。不过,DNAnexus称这些数据将被合并进入他们自己的DNA信息历史文档,并储存于谷歌的云计算服务器,研究者现在仍旧可以轻松进行访问。这是谷歌的云计算服务器中最大的第三方数据资料。

同时,DNANexus的CEO Richard Daly也曾透露,开创DNAnexus的原因在于,他们的团队从一开始便意识到DNA定序的费用正在以每18个月10倍的趋势一直下降,怎样及时切入市场并带来好的市场反映,走进用户的日常生活,是一个充满挑战性的过程。10年前,对一个人类染色体定序大概需要30亿美元,而现在只要大约4000美元左右。几年之后,可能只要不到1000美元(很明显,他的预测是准确的)。DNAnexus公司代表了DNA数据储存和分析的新方法,将云计算基础设施与灵活的系统设计和高级生物信息学结合在了一起。

这个观点几乎可以完美地塑造我们对DNAnexus这个平台的看法——它不应该只是被当做一种神奇的解决方式(至少从生物学角度如此),而应该作为安全的、基于云计算的搜集和数据分析的工具,用以帮助临床医生、研究者更容易发现更多的有用信息和大量数据,进而生成和分享更多的新见解来帮助患者和参与者。再者,自从Megabase被Gigabase替代,成为测序数据组成部分以来,Terabase测序运营的全套基因组测序即将成为主角。这一变化也引导着DNAnexus不断通过新的技术手段来完善自己的发展,例如:通过建设自己的基础设施,在包含软件的情况下,同时囊括其它所有的计算和储存基础设施。

而作为新的DNA测序服务提供商,DNAnexus为行业提供了发展下一代功能的可能性和灯塔指引,同时为研究者处理测序数据提供了相应的解决方案。一方面,这种解决方案旨在通过将 DNA 数据集中放到云端进行管理,同时利用共享工具,通过访问不同的参照数据集(包括基因型数据和表型数据)并与科学家展开协作来加快市场和技术的突破。平台能够为各种实验室提供一种安全、合规的云平台,支持规模不受限制的计算机存储资源。另一方面,DNAnexus的平台可以解决数据管理和分析挑战带来的问题,无论是单一的还是联合的系统,这一平台都可以正常使用,无需任何前端的硬件投资,不在乎支持测序运行的组织的规模大小。

不久前,DNAnexus 还分别与斯坦福大学与贝勒医学院合作推出了两个大型项目以展示该平台对于大规模基因数据处理的价值体现。在这两个项目里,DNAnexus 共处理了 17000 个基因组,生成的基因数据超过 500TB,这些所生成数据都可以在平台上访问供后续分析与数据共享使用,但这些数据也主要侧重于下一代测序技术的信息分析使用,并只有部分功能可免费使用。

但是,基因检测技术不仅应该测量出对人们的影响,还应该努力使那些期望运用它的人受益匪浅——在医疗保健中这些人包括研究者,供应商和参与者。怎样和谐地处理这三者之间的关系和平衡,将极大地影响DNAnexus的后续发展,那么,让我们一起拭目以待吧。



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